Den 17 december 2009 beslutade exploateringsnämnden att godkänna genomförandet av exploatering inom detaljplanen för Värtapiren. Utbyggnaden innebär en investering på drygt två miljarder kronor. Den nya Värtapiren kan stå klar 2016.

Värtapiren planeras att utökas med ca 67 000 kvadratmeter (13 fotbollsplaner) och Värtabassängen med 17 000 kvadratmeter. De nya ytorna och dagens pir kommer att forma den plats där Stockholms Hamnars verksamhet koncentreras.

Längs de nya landområdena kommer 1 100 meter ny kaj att anläggas vilket innebär att Värtahamnen efter utbyggnationen omfattar cirka 133 000 kvadratmeter. Totalt kommer hamnen att ha fem färjelägen, ett mer än i dagsläget. Färjetrafiken kommer att vara igång under hela utbyggnaden.

Utbyggnaden av Värtapiren ger en modern och mer effektiv hamnanläggning och skapar plats för bostäder, kontor och handel. Att hamnens verksamhet koncentreras till piren är också positivt med avseende på de säkerhetsbestämmelser som finns för hamnverksamheten. Dagens kajplats vid Södra Kajen flyttas till Värtabassängen och Södra Kajen kan istället användas för annan typ av sjöfart anpassad till den exploatering som kommer att ske inom Södra Värtan.