Med fysisk planering menas planering av till exempel bostäder och arbetsplatser samt trafikinfrastruktur såsom vägar och kollektivtrafik. Det är stadsbyggnadskontoret som ansvarar för stadens fysiska planering. Miljöförvaltningens roll är att bevaka att hänsyn tas till miljön och människors hälsa i planeringen.

Efter över ett sekel med industrier i Stockholm har en del mark blivit förorenad. När man gräver vid nybyggen upptäcker man ibland att marken har en annorlunda färg eller lukt.

Då kan det vara frågan om en förorening i marken, kanske från en verksamhet som lades ned för länge sedan. Om man upptäcker en förorening så ska man informera miljöförvaltningen och när man ska sanera marken måste man anmäla detta till miljöförvaltningen.

Omkring sju procent av stadens yta är skyddad i natur- eller kulturreservat. Var och ett av Stockholms åtta reservat har särskilda bestämmelser om skydd och skötsel för att områdets natur-, kultur- eller rekreationsvärdena ska bevaras och utvecklas.

Spåranläggningarna i Stockholm drivs av SL och Banverket. Spårtrafik kan ge upphov till buller och vibrationer hos närboende. Spårsträckningarna måste också renoveras och byggas om successivt vilket ger upphov till stora mängder avfall som ska tas omhand på ett miljöriktigt sätt.

Avgaser från trafiken bedöms orsaka tiotals cancerfall årligen i Stockholm. Trafiken bidrar till högre utsläpp av kväve och koldioxid än vad naturen tål på sikt. Dessutom utsätts ungefär 150.000 stockholmare för alltför höga bullernivåer.