Fackförvaltningarna sköter verksamheter som gäller i hela staden, till exempel skola, idrott, miljö, bibliotek, gatuskötsel och stadsplanering.
 

Arbetsmarknadsförvaltningen

Arbetsmarknadsförvaltningen är en ny förvaltning 2011. Förvaltningen ansvarar för alla stadens arbetsmarknadsinsatser, svenskundervisning för invandrare och vuxenutbildning.
 

Exploateringskontoret

Exploateringskontoret har det samlade ansvaret för förvaltning och exploatering av stadens mark inom staden. Stockholm stad äger cirka 70% av all mark inom staden.
 

Fastighetskontoret

Fastighetskontoret ansvarar för lokaler som inte naturligt passar in i stadens fastighetsförvaltande bolag. Det är främst förvaltningsbyggnader, kommersiella fastigheter, kulturfastigheter, lantegendomar, fastigheter utanför kommungränsen, partihandelsområden och saluhallar.
 

Idrottsförvaltningen

Idrottsförvaltningen främjar stadens idrotts- och friluftsliv och ger bidrag och stöd till idrottsföreningar. Ansvarar för bokning, drift och skötsel av stadens 450 idrottsanläggningar.
 

Kulturförvaltningen

Kulturförvaltningen ansvarar för huvuddelen av de kommunalt drivna kulturverksamheterna i staden, stadsmuseet samt är arkivmyndighet med ansvar för Stockholms stadsarkiv. Nämnden har även som uppgift att bevara, levandegöra och förmedla stadens kulturhistoriska värden till invånare, besökare och framtida generationer.
 

Kyrkogårdsförvaltningen

Kyrkogårdsförvaltningen ansvarar för förvaltningen av stadens egna och åt staden upplåtna begravningsplatser samt för frågor som rör begravningsverksamheten.Förvaltar Världsarvet Skogskyrkogården.
 

Miljöförvaltningen

Miljöförvaltningen följer tillståndet och utvecklingen av miljön och hälsan i staden. Nämnden är stadens tillsynsmyndighet för uppgifter enligt miljöbalken; tillsyn och övervakning i miljöfrågor, både inomhus och utomhus, t ex luftmätningar, livsmedelskontroll, inomhusmiljö, trafikbuller, kemikalier, miljöfarliga verksamheter med mera.
 

Serviceförvaltningen

Serviceförvaltningen ansvarar för stadens ekonomi- samt löneadministration och koncernupphandling. Nämnden har ett kontaktcenter som är ett kommuncentralt informationscenter, där det ska vara enkelt att få stöd av och information om Stockholms stad.

Kontaktcenter innefattar även Äldre Direkt, dit äldre och deras anhöriga kan ringa för att få svar på frågor om äldreomsorg samt råd och stöd. Under 2009 startar ett projekt som ger stadens samtliga bolag och förvaltningar gemensam IT-service via en extern leverantör. IT-beställaransvaret och avtalsförvaltningen hanteras av serviceförvaltningen.
 

Socialförvaltningen

Socialförvaltningen ansvarar för stadsövergripande verksamheter inom socialområdet, säljer tjänster, framför allt till stadens stadsdelsnämnder, samt bereder frågor till kommunstyrelsen om hela stadens socialtjänst utom äldreomsorgen samt arbetsmarknadsfrågor.
 

Stadsbyggnadskontoret

Stadsbyggnadskontoret ansvarar för den fysiska planeringen i staden. I detta ingår övergripande planering för bland annat bostäder, arbetsplatser, miljö och trafik. Stadens utrednings- och statistikkontor är från och med 1 januari 2008 ett eget bolag och ingår från och med halvårsskiftet inte i nämndens verksamhet.

Ansvarar även för bygglovgivning, kartförsörjning och bidrag till handikappanpassning av bostäder. Dessutom ansvarar kontoret för fastighetsbildning och fastighetsregistrering.
 

Trafikkontoret

Trafikkontoret ansvarar för den strategiska trafikplaneringen, trafiksäkerheten och trafikövervakning samt har det övergripande ansvaret för stadens avfallshantering. Nämnden ansvarar även för städning, klottersanering, snöröjning, samt stadens park- och grönområden genom en stadsträdgårdsmästare.
 

Utbildningsförvaltningen

Utbildningsförvaltningen ansvarar för de kommunala grundskolorna, gymnasieskolorna, gymnasiesärskolorna, mellanstadieverksamheter, särskolor, skolhälsovården, skolbarnsomsorgen, vuxenutbildningen, enheterna inom S:t Örjans rektorsområde och elevvårdsenheten. Nämnden betalar ut ersättningar till fristående verksamheter.
 

Valnämnden

Valnämnden svarar för organisation och genomförande av val till riksdagen, landstingsfullmäktige, kommunfullmäktige, EU-parlamentet och genomför eventuella extraval och folkomröstningar.
 

Äldreförvaltningen

Äldreförvaltningen ansvarar för de kommunövergripande frågorna om äldreomsorg, uppföljning av ramavtal, samordning och utveckling av äldreomsorgen i staden samt medverkar till att säkerställa en lika behandling inom staden.
 

Överförmyndarnämnden

Överförmyndarnämndens uppgifter är att garantera rättstrygghet för personer som inte själva kan sköta sin ekonomi, bevaka sin rätt eller sörja för sin person.